Das unstete Leben Kestens brachte es mit sich, dass er sein Hab und Gut, darunter auch Bücher, Texte, Manuskripte und Korrespondenz immer wieder verlor. In Berlin verließ er 1933 eine voll eingerichtete Wohnung und ein Büro beim Kiepenheuer Verlag. 1940 musste Kesten seine Unterlagen erneut vor den Nazis in einem Pariser Hotel, im Allert de Lange Verlag in Amsterdam und bei seiner Schwester Gina in Brüssel zurücklassen. Sie gelten heute mit Ausnahme der Unterlagen aus Paris als verloren.
In den USA verbrannte Toni Kesten aus Angst vor dem FBI eine nicht unerhebliche Anzahl von – wie sie meinte – kompromittierenden Dokumenten. Ende der 60er Jahre wurden Unterlagen aus dem Leo Baeck Institut, wo Kesten sie deponiert hatte, von einem unzuverlässigen Hausmeister gestohlen.

Bis Mitte der 70er Jahre verhandelte Kesten mit verschiedenen Städten und Institutionen, z.B. mit dem Literaturarchiv in Marbach und der Stadt Nürnberg, über seinen Nachlass. Mehrere amerikanische Universitäten hatten ihm angeboten, Kesten-Archive einzurichten.

Zu einem erfolgreichen Abschluss führten schließlich die Verhandlungen mit der Stadt München. Die meisten Unterlagen, die sich jetzt im Besitz der Monacensia, dem Literaturarchiv der Stadtbibliothek, befinden, stammen aus Kestens aufgelassener Wohnung in Rom.

Eine Auswahl seiner Korrespondenz findet sich in dem Band Deutsche Literatur im Exil. Briefe europäischer Autoren 1933-1949. Eine dreibändige Ausgabe weiterer Korrespondenz ist an der Universität Erlangen-Nürnberg in Planung.